Решением Гомельского облисполкома №53 от 28 февраля 1992 года здание храма передано Православной Церкви. Храм восстановлен и отремонтирован благодаря прихожанам и стараниям директора совхоза Бритова Петра Ивановича, председателя сельского Совета Гореленко Николая Фёдоровича.
Восстановлена северная стена храма, построена колокольня, установлены входные двери, ограда, окна, решётки, произведена заменена кровли, пола, выполнены внутренние работы, проведено отопление, освещение.
Во время восстановительных работ богослужения проходили в доме, предоставленном Столбунским сельским Советом.
При строительстве колокольни были найдены человеческие останки. Предположительно это место погребения священника Льва (или Леонтия). На этом месте установлен крест (символическая могила). Первое богослужение в восстановленном храме совершилось в апреле 1995 года.
22 мая 1997 года состоялось освящение храма.
В храме имеются чтимые иконы Святителя Николая, принесённые из Киево-Печерской Лавры богомольцами-паломниками, предками нынешних прихожан. Недалеко от храма находится чудотворный источник святой великомученицы Параскевы (в народе «Вдовья криница»), куда после Богослужения совершается крестный ход в десятую пятницу по Пасхе.
В 2005 году на территории Св. Никольского храма по благословению правящего архиерея построен зимний храм в честь иконы Божьей Матери «Взыскание погибших», в 2009 году в нему выполнена пристройка, возведён новый иконостас.
Правящий архиерей регулярно посещает храм с рабочими визитами, во время которых ознакамливается с состоянием дел на приходе и обсуждает с настоятелем административно-хозяйственные вопросы жизни приходской общины.
1030-летие Православия на белорусских землях торжественно отпраздновали в приходе храма святителя Николая Чудотворца в д.Столбун.Божественную литургию, в день предпразднства Преображения Господня, возглавил Высокопреосвященнейший Стефан, архиепископ Гомельский и Жлобинский.
В день празднования положения честной ризы Господа нашего Иисуса Христа в Москве, Преосвященный Стефан совершил Божественную литургию в храме святителя Николая Чудотворца аг. Столбун.